峰复电，将段祺瑞部编雷霆纵队第一集团军，投诚的其他清军部队分别编雷霆纵队所属部队。袁世凯被调河南省政府工作。

雷霆纵队司令部命令：一应立即接管江南制造总局，尽快为我军制造武器；二向金陵城进发，活捉光绪帝和慈禧，生要见，死要见尸，对于被俘的皇室成员予以优待；三把海军分为两个编队，第一编队包括定远舰（旗舰），福远舰，安远舰，镇东号、镇西号炮艇，右一号，右二号，右三号鱼雷艇，利运号运输舰。由刘步蟾指挥，任务是配合陆军实施下一步的作战计划，其他舰艇编为第二编队，以镇远舰为旗舰由林泰曾指挥，任务是坚守威海卫军港及防止军经东海进我国境内。

光绪帝知道了袁世凯已经投诚后，立即举行紧急朝会商议对策。大臣们都到齐之后，光绪帝说：“列位卿！袁世凯昨天已经发出通电宣布投降。现在唐军已经占据了上海，对金陵形成了两面夹击之势。常言道，福地不远离，祸地不久居。所以朕决定立即起驾前往武昌城，你们要做好随时启程的准备，等候通知！”

负责征集船只的鄂泰报告说：“启奏陛下！微臣征集的船只已经准备完毕，随时可以启程！”

光绪帝非常高兴表扬了鄂泰，派通知慈禧太后和后宫嫔妃，让她们做好启程的准备。

光绪帝正在书房批阅奏折，城外又传来了炸声，他以为雷霆纵队又来轰炸了。松云来向他报告说：“启奏陛下！刚刚唐军出动了会飞的怪异武器，对停泊在江面上的渡船进行轰炸，炸毁了六艘船。”

光绪帝立即升堂议事，光绪帝对他们说：“列位卿！刚刚唐军出动会飞的怪异武器对我们进行了袭击，炸毁了六艘船。与上两次袭击不同的是，这次他们袭击的目标是停泊在江面上的船只，证明他们已经发现我们的行动计划，想用炸毁通工具的方式阻止我们迁都。所以我们一定要加快迁都的步伐，不能在金陵坐以待毙！”

肃亲王善琦说道：“陛下！依臣之见，所有一起走目标太大，容易被发现。微臣建议，皇室成员及文武百官分成两批前往武昌城，这样目标小，便于隐蔽！”

光绪帝说：“肃亲王言之有理，明天晚上第一批员登船启程，我就此事报告给太后，听取一下她的看法，退朝！”

光绪帝来到慈禧的住处，行礼之后他对太后说：“母后！今天上午唐军出动会飞的怪异武器对停泊在江面上的船只发动了袭击，炸毁了六艘船。儿臣估计他们已经发现我们的行动，想用坏通工具的方式阻止我们迁都。不知母后对此有何看法？肃亲王建议将所有分成两批前往武昌，第一批明天晚上启程，这样便于隐蔽，不知母后意下如何？”

慈禧说：“你分析的对，唐军炸毁船只目的就是为了迟滞我们迁都的速度，为他们攻占金陵争取时间！”

这时，一个太监给光绪帝送来一份军机咨文，光绪帝立即接过来阅读：据探马报告唐军刘伟晨部已经攻克蚌埠，正在向金陵进发。唐军张智展部也已经离开上海，向苏州进发。

光绪帝把军机咨文的内容给慈禧转述了一遍。慈禧说：“蚌埠距金陵不到四百里路，唐军很快就会兵临城下，就按肃亲王说的办，分两批离开金陵。你带着皇后和重臣按原计划启程，到武昌城安顿好之后再派回来接我们！”

光绪帝说：“让皇后留下，珍妃随驾！”

慈禧表示反对说：“皇后是大清国母，如果落到唐军手里，会给皇室带来很大的麻烦，珍妃、瑾妃都是妃子，即便落到唐军手里造成的影响也不是很大。”光绪帝无可奈何的同意让皇后随驾，珍妃留下。

离开慈禧的住处后，光绪帝来到珍妃的住处。对她说：“唐军今天出动会飞的怪异武器袭击了停泊在江面的船只，这证明他们已经发现我们准备迁都，经与太后商议，朕决定明天起驾赶往武昌城。为了便于隐蔽，所有分两批赶赴武昌城，你被分在了第二批！”

珍妃说：“臣妾要和陛下一起走！”

光绪帝说：“朕也想带你一起走，但是太后不同意，朕也没有办法。你放心，朕到武昌城安顿下来之后立即派回来接你。”

珍妃说：“臣妾遵旨，愿陛下一路平安！”