理，兼商务部部长。商务部下设淮海军资产管理委员会，原淮海集团下属企业全部划归这个资产管理委员会管理。

不过，其中的农垦和渔业公司划归农业部管理，陈冬生依然担任农业部的部长。

另外，远洋船队和内河运输公司划归通部管理，通部还管理着整个淮海军势力范围内的道路规划建设以及维护。第一任通部长是王千里，这是一个南洋华，此在英国学习参与过铁路建设。因为后面董书恒要大建铁路，所以这次把此提了上来。

外部，刘青北担任外部部长，总管淮海军的对外往事宜。

财政部，部长原淮海公司的财务总监宋品华担任，主管淮海军系统的预算以及收支工作。另外一个让大家都没想到，就是胡光墉担任财政部副部长兼任长江银行总裁，分馆金融工作。

报部，由原来的报司升级而成，依然是由季明山担任部长，郑剑担任副部长兼行动局局长，周红英担任副部长兼外勤局局长。行动局负责任务的执行，外勤局负责管理各地的暗探。

另外还有民政部，警察总署、工业部、水利部、卫生部、教育部……

随着地方协响办职能的强化，继续使用这个名字已经不合适了。因此董书恒将地方各级协响办改为地方各级军政府。他的目标就是将淮海军势力下的地方全部纳军政府管辖。架空原来清廷的府县架构。

军政府第四季度的主要工作就是将苏南的军政府建立起来。由于苏南以前是赋税重地，清廷比较看中，因此要想做到跟苏北一样并不容易。